Санаторий расположен на окраине города Барановичи в 134 км от г. Минска и 215 км от г. Бреста. 

Санаторий находится в живописном лесном урочище «Гай» на расстоянии порядка 800 м. от озера Жлобинское, в окружении смешанного  леса. В 40 км. от санатория "Магистральный" находится жемчужина Беларуси озеро Свитязь и на его берегу расположено одноименное отделение санатория.